El día 10 o el 11 de agosto del año 1002 muere «al-Mansur bi-Allah» (el victorioso de Dios).
Bermudo II de León y García Sánchez II Pamplona, aliados contra al-Andalus no vencen a Abi Amir Muhammad en Calatañazor, porque esa batalla no llegó a efectuarse. Almanzor después de la expedición contra San Millán de la Cogolla cayó enfermo y de regreso a Córdoba murió en Medinaceli.
Pesadilla de los soldados leoneses que intentaban contener el avance hacia el norte de los ejércitos cordobeses; así lo atestiguan el hecho de que los andaluces le dieran el título de al-Mansur, » el Victorioso «, que las crónicas cristianas transformaron en Almanzor, el más legendario de los generales andalusíes. Bajo su mano de hierro, las expediciones militares del califato cordobés llegaron hasta Barcelona, Pamplona, León o Santiago de Compostela, emblema del orbe cristiano.
Almanzor había superado los 60 años, y su salud acusaba lo que, para aquellos tiempos, era ya una edad avanzada. A finales de junio de 1002 y a pesar de encontrarse muy enfermo se puso en marcha contra Castilla, en la que sería su última campaña militar.
Almanzor se encontraba tan desmejorado que hasta el trote del caballo lo atormentaba: a menudo se veía obligado a dejar su corcel para tenderse en una litera llevada a hombros. Tras algunas operaciones militares de poca relevancia y con el hayib empeorando a ojos vista, se decidió regresar a Medinaceli, capital de la Frontera Superior, en la actual provincia de Soria. Los últimos días los pasó rodeado de sus poetas, que alegraron su agonía exaltando con versos su gloria y recapitulando sus hazañas, como primer peldaño de lo que sería su figura legendaria.
Uno de sus visires describió sus últimas horas: » Encontrándose mejor, quiso ver a algunos de sus notables. Me acerqué a su cama y vi que, envuelta en sus sábanas, se encontraba tan sólo la sombra de lo que había sido. No podía hablar y era evidente que se encontraba más cerca de Dios que de nosotros … Habiendo dispuesto descansar en las fronteras, le dimos sepultura en el alcázar de Medinaceli. Envolvimos su cadáver en las mortajas que sus propias hijas habían tejido, y esparcimos en su cuerpo el polvo que después de cada campaña se había sacudido cuidadosamente de sus trajes, guardándolo para la ocasión «.
Su visión política siguió intacta hasta el final. Cuando su hijo Abd al-Malik acudió a su lecho de muerte, él lo despidió angustiado: » ¡ Digámonos adiós ya ! ¡ Coge tropas de confianza y corre a la capital ! ¡ Si no estás allí antes de que llegue la noticia de mi muerte, todo estará perdido !». Llegado a Córdoba, Abd al-Malik pudo neutralizar a quienes ambicionaban sustituir a Almanzor y se hizo nombrar hayib. Pero Almanzor sabía que no se debía prescindir de la máscara de legitimidad que sólo un califa como Hisham podía proporcionar.
Estaba en lo cierto. Cuando más tarde en el año 1009 Sanchuelo , el tercer habyib amirí, hijo menor de Almanzor, impuso su nombramiento como heredero del califa, rompiendo con la tradición de gobierno afianzado por su padre y su hermano, todo se vino abajo y, en palabras de un historiador, » la dinastía de los amiríes desapareció como si nunca hubiese existido «.
Según el historiador Ibn Idari, este epitafio se escribió sobre su tumba:
“Sus hazañas te enseñarán la historia
como si lo vieras con tus propios ojos.
Por Dios que jamás los tiempos traerán otro como él.
Ni como él defienda nuestra frontera”
Escultura de Almanzor erigida junto a las murallas merinies de Algeciras en la Avenida Blas Infante, colocada en el verano de 2002 con motivo de conmemorar los mil años de la muerte del caudillo andalusí. Estatua de estilo modernista realizada por el escultor Mariano Roldán.
Fue retirada en el 2013 once años posteriores a su ubicación y almacenada descuidadamente en la atarazana del Ayuntamiento de Algeciras . sccc.